Os órgãos sociais da Fundação Rotária Portuguesa são eleitos pelo representante dos sócios de cada um dos clubes em Assembleia Geral convocada para o efeito, e os seus mandatos são de três anos. Anualmente é renovado um terço dos seus membros para garantir a continuidade dos projectos, iniciando-se os mandatos em 1 de Julho e terminando em 30 de Junho, tal como é prática em Rotary.
A Fundação é dirigida por um Conselho de Administração , cuja actuação é fiscalizada por uma Comissão Revisora de Contas. Anualmente a Assembleia de Clubes delibera em reuniões ordinárias sobre o Plano de Actividades e Orçamento e sobre o Relatório e as Contas. O Conselho Superior onde têm assento todos os rotários que tenham concluído o seu mandato em qualquer dos órgãos sociais para que foram eleitos em Assembleia de Clubes tem por missão, entre outras, dar parecer sobre o Plano de Actividades e Orçamento, garantindo-se os princípios que presidiram a sua constituição e o direccionamento dos objectivos.
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